شرکت ساغر - اخبار: تکامل و واکنش پروتئین ها!

استفاده از منشأ سیگنال تکاملی برای پیش بینی برهم کنش پروتئین-پروتئین
مقدمه
از ارتباط فواصل ژنتیکی بین جفت های هم ترازی توالی پروتئین برای پی بردن به برهم کنش پروتئین- پروتئین استفاده می شود.
این ارتباط ها بر اساس سیگنال تکامل مشترک بین پروتئین ها و برهم کنش آنها می باشد. با این حال، اگرچه جهش در پروتئین های مختلف با حفظ برهم کنش مرتبط می باشد (به خصوص در اتصال هم کنشگر ها و همسایگی ها)، عوامل بسیار دیگری وجود دارند که به نسبت و میزان توالی تکامل تدریجی مربوط می شوند.
پروتئین های یک ژنوم معمولا با سابقه تکاملی مشترک ارتباط دارند و انتظار می رود بدون در نظر گرفتن اینکه آنها با هم برهم کنش دارند یا نه شباهت های توپولوژیک در درختان فیلوژنتیک آنها وجود داشته باشد. به همین دلیل است که گونه های درخت اغلب اصلاح می شوند. علاوه بر این فرآیندهایی مانند سطح بیان، بر میزان و نسبت تکامل تاثیر می گذارند. با این حال، این بحث مطرح می شود که میزان همبستگی تکامل که برای پیش بینی برهم کنش پروتئین مورد استفاده قرار می گیرد شامل سابقه تکاملی مشترک می باشد؛
در اینجا این فرضیه را آزمایش می کنیم.
بررسی
به منظور شناسایی مکانیسم تکامل که به ارتباط بین برهم کنش پروتئین ها منجر می شود، از روش های تکامل نژادی برای تشخیص شباهت ها در درخت توپولوژی از شباهت ها در فواصل ژنتیکی استفاده می کنیم.
از طیف وسیعی از مجموعه داده های مربوط به پروتئین های هم کنشگر و غیرهم کنشگر از ساکارومایسس استفاده می کنیم. به این نتیجه دست می یابیم که سیگنال تکامل همبسته بین برهم کنش پروتئین ها عمدتا نتیجه میزان و نسبت تکامل مشترک می باشد و با شباهت های توپولوژی درخت که مستقل از واگرایی تکاملی است ارتباطی ندارد.
نتیجه گیری
از آنجا که پروتئین های هم کنشگر توپولوژی های درختی ندارند که نسبت به پروتئین های غیرهم کنشگر شباهت بیشتری با هم داشته باشند، این احتمال وجود دارد که تکامل مشترک به همبستگی های مشاهده شده کمک چندانی نکند.

منبع:
http://www.biomedcentral.com BMC Evolutionary Biology 2012, 12:238 doi:10.1186/1471-2148-12-238
Published: 6 December 2012

تکامل، واکنش پروتیین ها

تبلیغات

زمان بارگزاری صفحه: 0.03 ثانیه

12,127,909 بار بازدید صورت گرفته است